特别工作队的设立
第一批被党卫队强迫去搬运、焚化尸体的并不是犹太人，起初也没有“特别工作队”这个说法。奥斯维辛-比克瑙集中营里的屠杀设施包括毒气室和焚尸场，主要是为了大批量地处死犹太人而启用的。所有遇难者中，犹太人占绝了大多数——奥斯维辛集中营里九成以上的死者都是犹太人。不过，死于毒气室的也有很多非犹太人，包括波兰人、苏联战俘、吉普赛人（辛提人和罗姆人），以及其他屯提。第一批被挑出来用毒气处死的人是波兰囚犯，他们是死于一项所谓的“安乐死”计划，该计划旨在除掉一些无法治愈的病号。他们从集中营被运往位于索能斯泰因的“安乐死”设施，再用一氧化碳毒死。之后不久又有第二批病号，本来要从奥斯维辛运到索能斯泰因。不过，这批人最终被毒死在奥斯维辛一座焚尸场的停尸房内，这座焚尸场1940年就已启用。1941年9月3日，250名囚犯（大部分是波兰人）从集中营的医院被挑选出来，用于试验齐克隆B毒气的效果。他们被带到位于奥斯维辛主营二区的地窖。之后，又有大约600名苏联战俘、军官和政委从战俘营被运到主营区，带到了二区的地窖。这些人全部都被毒气毒死了。
还有一些临时毒气室［称为一号地堡（Bunker）和二号地堡］，也被用于处死非犹太裔的囚犯。比如，1942年6月11日，原先关押在一处监禁地的320多名波兰囚犯在地堡被处死。 同年8月3日，德国人又从医院里挑出了193名患病的囚犯，把他们押到了比克瑙，用毒气杀害。1942年8月29日，德国人又以同样的方式处死了一批波兰囚犯，多达746人。“特别工作队”（Sonderkommando）的说法于1942年9月正式使用。“工作队”几经变更，于1943年初才最终成形。“特别工作队”一词源于“焚尸场工作队”（Krematoriums-Kommando），
后者指的是1940年奥斯维辛主营区的焚尸场启用以后被派去那里工作的一小批囚犯。关于特别工作队初始时期的情况，目前尚无目击者的证词。因此，我们没有办法确定这一时期工作队里具体有多少人，只知道其中很少几个人的名字，包括瓦茨劳夫·里普加（Waclaw Lipka）。这批队员的任务是往焚尸炉里添燃料，焚烧囚犯的尸体。这些囚犯或死于集中营中的恶劣条件，或是被党卫队的人杀害。
起初，集中营的管理者并未将焚尸场工作队中的囚犯与其他囚犯区别看待，也没有把他们归为“知密者”（德语 Geheimnisträger，目睹罪恶的人），于是几个波兰队员就想办法重新分配到了其他的工作队。弗拉迪斯拉夫·汤米切克（Wladislaw Tomiczek）就是其中一员。我们还得知另外两名波兰队员的名字，分别是约瑟夫·伊尔丘克（Jozef Ilczuk）和米奇斯瓦夫·莫拉瓦（Miecyslaw Morawa），他们在焚尸场工作队一直做到1941年6月。而这份差事还有个名字，叫做“司炉工”（stokers, Heizer），这个说法符合他们在那一阶段的实际工作内容：焚烧尸体。1942年5月，发生了一些变化。首先，从那时起，焚尸场工作队开始由六名囚犯组成：三名波兰人和三名犹太人。其次，一度又单独组建了一个新的小队，称为“费舍尔工作队”（Fischl-Kommando, 以队长费舍尔的名字命名），附属于焚尸场工作队。“费舍尔工作队”由四到七名囚犯组成，听命于集中营内盖世太保办公室（政治部）。盖世太保的工作职责之一就是焚尸场管理（Krematoriumsleitung）。当时焚尸场的负责人是沃尔特·卡科纳克（Walter Quakernack）。
“费舍尔工作队”的成立，是因为1942年5月起有大批犹太人被送到集中营。越来越多的尸体需要运送到焚尸场去，集中营里需要有一支特殊分队来执行这项任务——而此前负责这项工作的是一个号称“运尸工作队”（Leichenträgerkommando）的小分队，专门搬运那些指定要焚烧的囚犯尸体。这些囚犯大都死于饥饿、疾病或纳粹的毒手。但是在毒气室里被处死的人太多了，超出了这个小队的工作负荷。于是，“费舍尔工作队”的囚犯们就被派去进行
焚化尸体前的准备工作（焚烧环节则由“司炉”接手），并在毒气放完之后清扫毒气室。有段时间，他们还要把尸体身上的衣服脱下来。不过，从1942年6月底起，走向死亡的囚犯们在进入毒气室之前就被迫脱光衣服。“费舍尔工作队”的队员们则负责把衣服收集起来备好，交给另一个工作队运走。他们还需要清理焚尸场的院子。如果那些脱光衣服进入毒气室的囚犯留下了什么东西，也由他们来收起。工作队必须在下一批囚犯送达前迅速完成这些任务，这样新到的囚犯才丝毫不会觉察到这里发生过的一切。从一开始，“欺骗”便是大屠杀这一罪行的中心原则。
作为一个单独的小队，“费舍尔工作队”只存在了几周时间。1942年6月前后，两个小队就合并到“焚尸场工作队”里面。据丹努塔·切克（Danuta Czech）的说法，1942年2月15日，按照“犹太问题最终解决方案”，第一批被指定处死的犹太人从上西里西亚地区运到奥斯维辛集中营。这些人被带到了主营区中的毒气室，在那里惨遭杀害，尸体在焚尸炉里化为灰烬。1942年5月，因为要维修烟囱和锅炉房，主营区里的焚尸场暂时关闭。因此，所有的尸体都被运出奥斯维辛，送到了比克瑙，扔进了大坑里，用土盖上。所有这些任务都是“费舍尔工作队”的囚犯们完成的。焚尸炉修好以后，主营区里的焚尸工作便又恢复了。
比克瑙的埋尸坑是由“埋尸工作队”（Begrabungskommando）的囚犯们挖出来的——这个工作队的成立就是为了这项差事。1942年5月，一批批的犹太人开始被定期运到集中营，于是又出台了另一项和灭绝犹太人有关的规定：系统的屠杀行动要在比克瑙进行，而不是奥斯维辛，因为奥斯维辛的焚尸炉频出故障，已经不能进一步大规模使用。德国人决定在比克瑙集中营地面上挖出的大坑中焚烧尸体。他们把大坑的位置选在一片白桦林内。在1941年底或1942年初时，鲁道夫·赫斯（Rudolf Höss ）认为，这片树林边的两栋房屋可以改建成毒气室。这两栋房子一栋被称作“红屋”或“一号地堡”；另一栋则被称为“白屋”或“二号地堡”。可以肯定的是，一号地堡的第一次毒气屠杀发生于1942年的早春。随后，二号地堡也同样投入使用。前面提及过的“埋尸工作队”成员和被派到地堡的囚犯一起，构成了之后“特别工作队”的核心。党卫队选了一群来自斯洛伐克的犹太人到“一号地堡”工作。这群囚犯大约有200人，其中30到50人被派到地堡里面工作，而其余的人则负责挖坑和往坑里填尸体。另一队犹太囚犯由大约五十名男性组成，被挑选到“二号地堡”去工作。他们的任务是：确保囚犯们在进入毒气室前能尽快在地堡外把衣服脱掉（1942年8月起有了专门的脱衣室）。脱衣之后，工作队成员便带领囚犯们进入毒气室。在一过程中，他们还要把那些起了疑心、紧张不已的人隔离出来，以防扰乱其他囚犯的情绪。工作队队员要带着这些隔离出来的人，还有毒气室塞不下的人，来到地堡后面的一个地方，由党卫队将他们全部枪杀。
有段时间，毒气室只在晚上运行。随着送来的囚犯数量不断增多，开始增加一个白班。特别工作队的职责之一，就是在毒气屠杀结束后对毒气室进行细致的清理，这个任务非常辛苦。他们首先要给毒气室通风，然后把齐克隆B晶体的残留物和囚犯中毒后的排泄物清理干净。根据集中营囚徒的证词，队员们有时会戴着防毒面罩干活。
队员们把尸体运出毒气室，按十具一组分好，搬到轨道车上，沿着一条窄轨把尸体运到约300米外的尸坑。每个尸坑可以容纳100到600具尸体。之后，队员们就往坑里面撒上生石灰，再在上面盖上30—50厘米厚的土。从1942年5月到9月，他们大概填满了100多个这样的尸坑。这些坑都是他们在一号地堡的西侧挖出来的。